IPD - Chair Tichy - Programming Systems

Implementierung des SURE-Verfahrens zur automatischen Parallelisierung verschachtelter Schleifen in R-Programmen

  • Type:Bachelorarbeit
  • Date:04.09.2013
  • Supervisor:

    Dr. Ing. Frank Padberg

  • Person in Charge:André Wengert
  • Links:Links_bearbeiten
  • R ist eine Programmiersprache bzw. -umgebung für statistische Auswertungen und Grafi ken. Sie wird vor allem im Fachgebiet der Bioinformatik zur Berechnung und Analyse von genomischen Sequenzen eingesetzt. Die sequenzielle Abarbeitung dieser Aufgaben ist sehr zeitintensiv und R bietet keine native Unterstützung für Parallelisierung um den Prozess zu beschleunigen.

    Zweck der R-Experimentierplattform ALCHEMY ist die automatische Parallelisierung von R-Programmen. Ihr Ansatz kommt vor allem Benutzern zu gute, die Experten ihrer Domäne
    sind, jedoch wenig Kenntnisse über Programmierung verfügen. Für die Parallelisierungsanalyse wurden bereits einige Module, sog. PAMs, entwickelt. Ziel dieser Arbeit ist die Implementierung des SURE-Verfahrens als PAM zur automatischen Parallelisierung verschachtelter Schleifen mit Matrixzugriffen. Ursprünglich de niert wurde dieses Verfahren durch Karp, Miller und Winograd. Im Kontext der Schleifenparallelisierung wurde es von Allain Darte vorgestellt.